הרמח"ל ייסד את ספרו "מסילת ישרים" על פי הסדר של הברייתא של רבי פנחס בן יאיר: "תורה מביאה לידי זהירות וכו'". בחלק של "תורה" לא האריך הרמח"ל. הוא לא ייחד ללימוד התורה אף לא פרק אחד, ורק הזכיר את הכרחיות לימוד התורה כחלק מדרכי קניית מידת הזהירות.
בספר שנתגלה בדורנו (בשנת תשנ"ה), "מסילת ישרים סדר ויכוח", שהיה כנראה גירסה מוקדמת לזו שהוציא בסופו של דבר לאור, מופיע קטע ביחס לתורה שלא נדפס בסדר הפרקים שלפנינו.
אין הרבה הבדלים בין שני הספרים, מלבד הסגנון שכתוב פעם כויכוח ופעם כהרצאת דברים המחולקת לפרקים, וכן הפתיחה, שמפורטת הרבה יותר בסדר ויכוח.
בתחילת מידת הזהירות מופיע קטע שלם ויסודי שמשום מה בחר הרמח"ל שלא להכניסו לסדר הפרקים, ומתבארת בו מעלת המוסר האלוקי על פני המוסר האנושי.
חיפשתי ברשת את הקטע כדי להעתיקו לכאן ולא מצאתי, אז אני מעתיק אותו מהספר שבידי:
"אמנם עוד אשמיעך דבריי להראותך האמת הזה בבירור. והוא כי דרכי השם הם גבוהים מדרכי השכל האנושי הרבה, וכן כתוב: כי לא מחשבותיי מחשבותיכם וכו'. אך הדרכים שיקנה בהם האדם השלימות האמיתי והאושר הנפשי אי אפשר שיהיו דרכים אנושיים, כי כיוון שהשלימות הוא למעלה מן החוק האנושי גם הדרכים לקנותו צריך שיהיו למעלה מזה. על כן אי אפשר לאדם להגיע אל השלימות אלא על ידי דרכי התורה בלבד לפי שהם דרכים למעלה משכלנו, שרק הבורא יתברך שמו היה יכול לסדרם ולחקוק אותם כאשר עשה. הוא מה שמשה רבנו עליו השלום מזכירנו: מי גוי גדול אשר לו חוקים ומשפטים צדיקים ככל התורה הזאת וכו'.
יצא לנו מזה, שאין די לאדם, כדי להינצל מן היצר הרע ולהשיג השלימות, שיידע המוסר ותכונות המידות הישרות כאשר ידעו ולמדו חכמי האומות, אבל צריכים אנו לפרטיות דרכי התורה האלוקית שעל כן ניתנה מן השמיים, לפי שלא היה יכול להימצא אדם בארץ, אף שיהיה חכם גדול מאוד, שיכול לסדר אותה בדרך שהיא סדורה מן הבורא יתברך.
והנה רבי פנחס עצמו דקדק זה ממה שאמרו זכרונם לברכה: ונשמרת מכל דבר רע, שלא יהרהר ביום ויבוא לידי טומאה בלילה, ומכאן למד שהתורה מביאה לידי זהירות וכו'. והיינו, כי לולי התורה מזהרת אותנו על זה, הנה לפי המוסר האנושי לא היה ראוי שייחשב זה לעוון גדול, כי סוף סוף הרהור אינו דבר ממשי – לא דיבור ולא מעשה, ואם כן מה בזה אם יהרהר אדם על אישה, וכן אם ייטמא בלילה מה פשעו ומה חטאתו, הלא ישן הוא, ובא החלום ברוב עניין. אך התורה מודיעתנו חומר העניין ועד היכן צריך האדם לפרוש מן הזנות ומכל ענפיו, כי אפילו על מה שיקרה לו בחלום ייענש אם היה הוא סיבה אליו, אף שאינו סיבה קרובה ממש. מכאן נלמד שתורה מביאה לידי זהירות, כי בלא תורה לא ייכנס האדם לזהירות האמיתי, כי לא יעלה על לבבו ליזהר בדברים הרבה שייזהר בהם אם יעסוק בתורה ויעמיק בענייניה ודרכיה".
הציווי המופיע בפתיחת הברייתא "ונשמרת מכל דבר רע" מתפרש כציווי על שמירת המחשבה מהירהור רע. זו הנקודה, מסביר הרמח"ל, שבה תלה רבי פנחס בן יאיר את לימוד התורה כתנאי לעבודה המוסרית שעל פי התורה. כמשל לדבר אזכיר דבר נחמד ששמעתי פעם על ההבדל שבין איש המנקה את הבית לאישה המנקה את הבית – האיש רוצה שהבית ייראה נקי, בעוד האישה רוצה שהבית יהיה נקי. המוסר האנושי עניינו סידור חברתי, שיחיה האדם באופן שייטיב עם הזולת ולא ייפגע בהם. האם במוסר שכזה יש מושג של מוסריות "לכשעצמה"? היות האדם מוסרי בעצמו, אף מבלי שניתן יהיה למדוד זאת בכלים אנושיים? לא. מוסר כזה מכוון החוצה, אל הפעולות המעשיות של האדם.
התורה דורשת מהאדם לעבוד על עצמו, לקדם את עצמו, שיהיה מוסרי.
כך למשל במידת הכעס, מתוך תפיסה זו מציב הרמח"ל דרישה גבוהה, שלא די שלא יוציא האדם את הכעס אל הפועל, אלא שאף לא יתעורר בליבו כל כעס (פרק י"א) – "אמנם, מדתו של הלל הזקן עולה על כל אלה, שכבר לא היה מקפיד על שום דבר ואפילו התעוררות של כעס לא נעשה בו. זה הוא ודאי הנקי מן הכעס מכל וכל".
