שלושה טעמים הובאו ברמב"ם לאיסור מוקצה, וטעם נוסף מובא בדברי הראב"ד.
כתב הרמב"ם בטעם הראשון (שבת כד, יב): "אסרו חכמים לטלטל מקצת דברים בשבת כדרך שהוא עושה בחול. ומפני מה נגעו באיסור זה? אמרו: ומה אם הזהירו נביאים וציוו שלא יהיה הילוכך בשבת כהילוכך בחול ולא שיחת השבת כשיחת החול שנאמר "ודבר דבר", קל וחומר שלא יהיה טלטול בשבת כטלטול בחול כדי שלא יהיה כיום חול בעיניו ויבוא להגביה ולתקן כלים מפינה לפינה או מבית לבית או להצניע אבנים וכיוצא בהן, שהרי הוא בטל ויושב בביתו ויבקש דבר שיתעסק בו ונמצא שלא שבת ובטל הטעם שנאמר בתורה למען ינוח".
חכמים למדו מן הפסוקים מהו טעמה של מצוות השבת, ועשו משמרת לשבת כפי שעשה ישעיה הנביא שאמר: "אִם תָּשִׁיב מִשַּׁבָּת רַגְלֶךָ עֲשׂוֹת חֲפָצֶיךָ בְּיוֹם קָדְשִׁי וְקָרָאתָ לַשַּׁבָּת עֹנֶג לִקְדוֹשׁ ה' מְכֻבָּד וְכִבַּדְתּוֹ מֵעֲשׂוֹת דְּרָכֶיךָ מִמְּצוֹא חֶפְצְךָ וְדַבֵּר דָּבָר", שמפסוק זה נלמדו הלכות הנועדות לשמור על צביונה של השבת. באופן דומה, כדי שלא תהפוך השבת להיות כיום חול אף אם לא יעברו ממש על איסורי מלאכה מן התורה, גזרו חז"ל על טילטול המוקצה.
למד הרב אשר וייס שליט"א מדברי הרמב"ם הללו יסוד לכל התורה, שיש מידת חסידות לקיים לא רק את דקדוקי ההלכה של המצוות אלא גם את טעמי המצוה, גם כאשר טעמי המצוות אינם קובעים דין מסוים, שהרי דיני מנוחת השבת מדאורייתא הם רק השביתה מל"ט מלאכות. כך כאן שאמרה תורה "למען ינוח", למדו חז"ל שעלינו לדאוג שהשבת תהיה יום מנוחה.
הראב"ד שם כתב טעם אחר: "מפני חיוב ההוצאה אסרו בטלטול מה שאסרו, שהוא גדר להוצאה". לדעת הראב"ד גזירת מוקצה היא כגזירות רבות של חז"ל, שגדרו גדר שלא יפגעו באיסור תורה, במקרה הזה באיסור של הוצאה מרשות לרשות.
בהלכה הבאה כתב הרמב"ם שני טעמים נוספים: "ועוד כשיבקר ויטלטל כלים שמלאכתן לאיסור אפשר שיתעסק בהן מעט ויבוא לידי מלאכה" – טעם זה שייך דווקא במוקצה מהסוג של 'כלי שמלאכתו לאיסור', שעל ידי ההתעסקות בכלי המיועד לשימוש האסור בשבת, עלול לבוא לידי חילול שבת.
טעם נוסף כתב שם הרמב"ם: "ועוד מפני שמקצת העם אינם בעלי אומניות אלא בטלין כל ימיהן כגון הטיילין ויושבי קרנות שכל ימיהן הן שובתים ממלאכה ואם יהיה מותר להלך ולדבר ולטלטל כשאר הימים נמצא שלא שבת שביתה הניכרת. לפיכך שביתה מדברים אלו היא שביתה השווה בכל אדם". יש אנשים שממילא אינם עושים מלאכה בימות השבוע, ורצו חז"ל שיהיה עבורם היכר שהשבת שונה משאר ימים, לכן אסרו דבר שעל ידו תהיה שביתתם ניכרת.