אומרת הגמרא בתחילת מסכת ביצה:"אמר רבה מאי דכתיב והיה ביום הששי והכינו את אשר יביאו? חול מכין לשבת, וחול מכין ליום טוב ואין יו"ט מכין לשבת ואין שבת מכינה ליום טוב". כתב שם רש"י: "ויליף מהכא דמוקצה דאורייתא". כלומר שלדעת רבה מוקצה אסור מן התורה. שאר הראשונים חלקו על רש"י וביארו שאין מדובר כאן על מוקצה אלא על איסור הכנה משבת ליו"ט, ואף לרש"י הנידון כאן הוא רק איסור אכילת מוקצה, ואף לשיטתו איסור טילטול מוקצה הוא רק מדברי חכמים.
במסכת שבת ישנם שני מקורות סותרים ביחס לשאלה מתי נגזרה גזירת מוקצה.
בדף קכג ע"ב אומרת הגמרא: "תנו רבנן בראשונה היו אומרים שלושה כלים ניטלין בשבת… אמר רבי חנינא: בימי נחמיה בן חכליה נשנית משנה זו, דכתיב: בימים ההמה ראיתי ביהודה דורכים גתות בשבת ומביאים הערימות".
ומסביר שם רש"י: "משום דהוו מזלזלים בשבתות". כלומר, חכמים שבזמן נחמיה אסרו לטלטל בשבת, כדי לחזק את העם בשמירת השבת.
לעומת זאת בגמרא בדף ל ע"ב מסופר על דוד המלך שנפטר בשבת, והורו חכמים לשלמה בנו שמותר לטלטל את המת רק על ידי כיכר או תינוק, מכאן נראה שכבר אז היה נוהג איסור מוקצה, וזהו כמובן זמן מוקדם יותר מימיו של נחמיה.
ביארו האחרונים (שו"ע הרב וביאור הגר"א) שיש כאן שתי גזירות נפרדות.
מתחילה גזרו על הטילטול של דברים שאינם מוכנים לשימוש האדם, כמת, עצים ואבנים. בשלב השני נאסר הטילטול של כלים המוכנים לשימושו של האדם.
הגר"א בביאורו נקט ששתי גזירות אלו אף חלוקות בדיניהן: מה שנאסר בגזירה הראשונה אסור לגמרי בטילטול, לכל צורך שהוא, ואילו הכלים שנאסרו בטילטול מותרים בתנאים מסוימים – כלי שמלאכתו להיתר מותר לצורך כלשהו, כלי שמלאכתו לאיסור מותר לצורך גופו ומקומו.
אמנם רוב הפוסקים לא הזכירו להלכה שיש כאן שתי גזירות נפרדות, אלא תחת הכותרת הכללית של מוקצה ביארו את סוגי המוקצה השונים להלכותיהם.